Giovanni De Santi ha ottenuto il dottorato in fluidodinamica presso il Politecnico di Monaco di Baviera (GER) dopo la laurea in ingegneria meccanica e nucleare presso l'Università di Pisa.
Dipendente dal 1985 della Commissione Europea presso il Centro Comune di Ricerca, è stato nominato Direttore dell'Istituto per l'Energia nel 2007, poi Istituto per l'Energia e i Trasporti a Petten (NL).
Nel 2017 è stato nominato Direttore del Direttorato “Risorse sostenibili” di Ispra (IT), responsabile per il supporto scientifico a numerose politiche UE: agricoltura, sviluppo sostenibile, ambiente, cambiamento climatico, pesca, bio-economia, industria e commercio.
